孙健初，字子乾。1897年8月18日出生于河南省濮阳县后孙密城村一个农民家庭。1920年，孙健初从山东曹州（今菏泽县）鲁西国立第六中学毕业，父亲希望他留下支撑家业，孙健初则要求深造。9月，孙健初考取山西大学采矿系预科班，两年后入本科。毕业后于1927年被吸收为该会第一批地质调查员，逐渐接受了新常富“以纯正科学来救国”的思想。他后来回忆说：“只相信学术可以救国，一心学采矿地质，并且把它学得很好”。1929年1月，经新常富举荐，进入农矿部地质调查所，开始任地质调查员，后被提任技佐、技正。
在农矿部地质调查所，孙健初参加和主持了一系列地质调查活动。1934年，孙健初和侯德封进行了历时5个月的黄河上游地质调查。1935年初，中央地质调查所组成以翁文灏为主任、黄汲清为副主任的中国地质图编纂委员会。孙健初为委员，并负责青海、甘肃、宁夏地区的地质调查，历时8个多月。1937年，孙健初根据中央地质调查所安排，又参加“西北地质矿产试探队”，开始在甘肃、青海部分地区进行石油勘探，第二次来到杏彩官网 。1938年至1939年由孙健初主持的杏彩官网 油田勘探，取得成功，转入正常开发，此后孙健初即全力从事石油地质工作。1942年至1944年，去美国考察油田，进修石油地质，写出《美国地质概况及其寻究石油之方法》和《发展中国油矿纲要》。1946年，孙健初任甘肃油矿局探勘处处长（后改为中国石油公司甘青分公司勘探处）。中华人民共和国建立前夕，为防止国民党军队的抢掠、破坏，孙健初不顾个人安危，组织职工巡逻护厂，将全部勘探仪器和地质资料装箱密封，妥为保护。1949年8月，兰州解放后，彭德怀、贺龙亲自到勘探处，对孙健初和勘探处职工的护厂功绩倍加赞扬。
1950年，孙健初出席中国第一次石油工作会议，提出西北石油勘探计划，被任命为石油管理总局探勘处处长。后又担任西北财政经济委员会委员等职，并参加编制中国石油勘探方案的领导工作。1951年，在北京石油工业展览会上，孙健初向毛泽东主席汇报了中国石油工业发展情况及远景。1952年10月，为了适应大规模经济建设和发展石油工业的需要，孙健初主持开办了第一期石油地质干部训练班，亲自讲课，参加讨论，指导总结。这批学员后来都成为中国石油地质界的中坚。
1952年11月10日深夜，因煤气中毒逝世，终年55岁。
